Životinjski svijet Geoparka Biokovo-Imotska jezera osebujan je i raznolik i krije jedno veliko bogatstvo s mnoštvom endemskih vrsta na čitavom ovom području.

Životinjski svijet Biokova je također vrlo raznolik, osobito životinjski svijet podzemnih pećina. Planina je dom vuka i vepra, a posebna atrakcija su muflon i divokoza koja je 1964.g. ponovno naseljena, te se brzo namnožila i lako prilagodila krajoliku što potvrđuje njenu iskonsku pripadnost ovom staništu.

Preliminarna analiza faune ističe Biokovo kao »vruću točku« biološke raznolikosti Hrvatske i Europe, posebno špiljskom faunom. No, nužna su daljnja istraživanja. »Špiljska fauna je jedna od najizraženijih elemenata faune Biokova. Dosad je u špiljama utvrđeno više od 180 vrsta s čak 60 endema Biokova. Biokovo obiluje i leptirima, ima ih oko 400 vrsta. Vodozemce na Biokovu zastupa pet vrsta žaba, daždevnjaci koji su iznimne veličine i vodenjaci koji nastanjuju lokve. Gmazove predstavlja 21 vrsta, od kojih je kopnena kornjača sve rjeđa.

Među gotovo 100 vrsta ptica ističu se suri orao, orao zmijar, sivi sokol, planinska sova, mravozub crni, bjelohrptni djetao, špiljska lastavica, alpski popić, voljić maslinar i kreja, a to su rizične i ugrožene vrste u Hrvatskoj. Žutokljuna galica, zvana ćolica, posebno je zanimljiva jer se gnijezdi u jamama, pa je speleolozima pomoć pri pronalaženju novih jama. Na Biokovu je utvrđeno 42 vrste sisavaca. Među njima su bjeloprsni jež, pet vrsta rovki, šišmiši, deset vrsta zvijeri i to vuk, lisica, divlja mačka, jazavac, tvor, kune zlatica i bjelica, lasica te čagalj.

S druge strane, izdvojiti ćemo samo neke zaštićene vrste na području imotske krajine: Crveno jezero je stanište endemske ribe imotske gaovice (Delminichthys adspersus). U sušnom razdoblju riba se može uočiti u obližnjim izvorima, rijekama i jezerima, što ukazuje na podzemne veze između Crvenog jezera i ostalih voda u okolici. Po prvi puta uzorkovana je i druga vrsta ribe, relativno nedavno opisana vrsta – ilirski vijun (Cobitis illyrica). Vrste ovog roda su načelno ugrožene i Natura 2000 vrste. Obje ove rijetke i ugrožene vrste obitavaju u cijelom stupcu vode, odnosno uhvaćene su u zamkama od površine sve do samog dna jezera, u rasponu od oko 240 m dubine. Uz ribe, u jezeru su utvrđene i druge vrste.

U rijeci Vrljici se razvilo više endemičnih svojti riba koje još nisu dovoljno proučene. Najpoznatija endemična vrsta koja ovdje živi je mekousna pastrva (Salmothy - mus obtusirostris). U rijeci živi i basak (Rutilus basak) i makal (Squalius microlepis). Do sredine devedesetih godina prošlog stoljeća u Vrljici je bio rasprostranjen bjelonogi rak (Austropotamobius pallipes), a danas ga možemo vidjeti samo na jednom lokalitetu koji će vjerojatno poslužiti za njegovo ponovno rasprostiranje kada se utvrde uzroci nestanka. Za sada je izvor Krčevac jedino potvrđeno nalazište čovječje ribice (lat. Proteus anguinus) u Imotskoj krajini (potencijalno drugo nalazište je Lasića vrilo).

Ističemo i neke vrste gmazova kao što su poskok (Vipera ammodytes), šara poljarica (Hierophis gemonensis) i primorska gušterica (Podarcis siculus), koji je su prisutni na krškim siparima iznad jezera.

Što se sisavaca tiče treba istaknuti šišmiše (Chiroptera), koji se hrane iznad površine jezera, a dijelom obitavaju i u špiljama u sustavu jezera. Utvrđene su najmanje dvije, ujedno i Natura 2000 vrste: Rhinolophus ferrumenquinum i Miniopterus schreibersi, a prilikom istraživanja nađen je i utopljen primjerak roda Myotis, kojeg treba determinirati.